个人简介：

现任中山大学附属第七医院副研究员，硕士生导师，中山大学“百人计划”引进人才。约翰霍普金斯医学院博士后，从事生命科学研究10年有余，在生物信息学、癌基因组学、表观遗传学和单细胞的个性化医疗研究方面取得非凡的研究成果。拥有卓越的算法编程设计和逻辑思考能力，尤其擅长复杂问题的算法设计、深度学习和基因组/蛋白质组大数据的分析建库和预测建模。

教育背景：

 2005/09-2014/06  华中科技大学 本硕博连读

博士研究生国家奖学金获得者、1项华中科学大学技术创新基金的负责人、2项国家自然科学基金的主要参与者：硕博连读期间，成功主持生命科学技术创新项目1项和主要参与2项国家自然科学基金支持的项目。这些项目围绕区别于传统基因组学的表观遗传学进行系统而有针对的研究，全面阐释了蛋白质翻译后修饰在各种疾病通路中的重要作用。

1.2021, 主持，国家自然科学青年基金(编号: 32100434; 经费: ￥240,000): scATAC-seq与scRNA-seq组合下各疾病组织或细胞增强子与其靶向基因的生物信息学分析
2.2013, 主持，华中科学大学技术创新基金(编号: CXY12Q035; 经费: ￥15,000):泛素和类泛素化在复杂疾病中的功能预测
3.2012, 参加，国家自然科学基金(编号:31171263; 经费: ￥600,000):蛋白质翻译后修饰中泛素化的功能研究
4.2011, 参加，国家自然科学基金(编号:81272578; 经费: ￥800,000):磷酸化等蛋白质翻译后修饰的底物位点预测

工作经历：

（1）2014/09-2020/09  约翰霍普金斯大学医学院  博士后

       多项美国国立卫生研究院 (NIH) 授予项目的重要参与者：博后五年多时间，成功参与美国国立卫生研究院授予的5个项目，累积经费近170万美元。该5个项目针对常见疾病尤其是眼部疾病等，在DNA单元调控网络、转录组、表观遗传组以及单细胞基因组等多种层面和角度上进行系统而深入的研究，包含生物信息学的复杂算法、深度学习和分析。

       1.2015, NIH grant (编号:EY024580; 经费: $357,210):Differential Regulatory Networks in Disease: Application to Macular Degeneration

       2.2015, NIH grant (编号:GM111514;经费: $344,250): Epigenetics-mediated transcription regulation in mammals

       3.2016, NIH grant (编号: EY023188;经费: $368,057): Integrative Analyses of Eye Disease Using Genetic and Epigenetic Datasets

       4.2018, NIH grant (编号: EY029548; 经费: $409,375): Computational Tools for Single Cell Analysis: Application to Retinal Degeneration

       5.2018, NIH grant (编号:EY001765; 经费: $209,438): Bioinformatics Module

（2）2020/09-今  中山大学附属第七医院 副研究员 硕士生导师

显著研究成果：

     生物医学工程和生物信息学领域资深学者，将生物信息学和生物医学、生物统计学、分子生物学以及计算机科学系统有机的结合起来，从微观到表观全面阐述了各种疾病的发病机制和原理，从靶向基因治疗、免疫治疗以及表观遗传学治疗等多种层面上为疾病的药物靶点设计提供了重要的参考。相关成果发表在跟生物信息学算法、软件以及数据库相关的国际顶级期刊Nucleic Acids Research, Bioinformatics和PLOS Computational Biology，其中表观遗传学的泛素化数据库广泛应用于世界各地，拥有超过146万的独立用户浏览量。

丰富的算法、数据库和软件设计经验：

     10年的生物信息学研究，在各种生物学问题的解决中积累了非常多的算法经验，诸如序列比对、隐马可夫模型构建、蛋白质位点预测、无监督机器学习、深度学习、降维以及话题模型分析等等。并以此对很多生物学问题进行深度分析并构建了数据库或预测软件。

前沿研究：

     在癌症相关的单细胞表观组测序 (ATAC-seq) 大数据中，深度学习AI智能算法可成功地对数量庞大 (几万或十几万) 的不同单细胞进行精准分类，成功找出具有癌特性的细胞分组并找出相关的癌特异性高表达基因。该项目可用于医疗中的早期癌症诊断，对早期肿瘤组织中的癌细胞鉴定准确率可达到99%，目前已完成算法的设计，准备写论文。

荣誉和奖励:

（1）  华中科技大学生命科学院第七届年度学术会议优秀博士生报告                                                   2014年

（2）博士研究生国家奖学金(奖金3万,华中科技大学生命科学院15位博士获奖者之一)                         2013年

（3）  香港Gordon翻译后修饰网络研究会议论坛的特殊支持资金(700美金, 10%参与者获得此资助)     2013年

（4）中国科学院武汉水生所第四届青年科学家论坛二等奖                                                                 2013年                                                                                 

科研论文：

1. 1. Gao T#*, Zheng Z, Pan Y, Zhu C, Wei F, Yuan J, Sun R, Fang S, Wang N, Zhou Y, Qian J. scEnhancer: a single-cell enhancer resource with annotation across hundreds of tissue/cell types in three species. Nucleic Acids Res. 2021 Nov 11.( IF=16.97).
2.  
3. 2. Ullah S#*, Ullah A, Rahman W, Ullah F, Khan SB, Ahmad G, Ijaz M, Gao T*. An innovative user-friendly platform for Covid-19 pandemic databases and resources. Comput Methods Programs Biomed Update. 2021.
4.  
5. 3. Ullah S#*, Rahman W, Ullah F, Ahmad G, Ijaz M, Gao T*. LDBPR: Latest Database of Protein, Research. Journal of Bioinformatics and Systems Biology. 2021. IF=4,2.
6.  
7. 4. Ullah S#*, Rahman W, Ullah F, Ahmad G, Ijaz M, Gao T*. DBHR: A collection of DataBases relevant to Human Research. Future Science OA. 2022. IF=2.61.
8.  
9. 5. Semba RD, Zhang P, Dufresne C, Gao T, Al-Jadaan I, Craven ER, Qian J, Edward DP, Mahale A. Primary angle closure glaucoma is characterized by altered extracellular matrix homeostasis in the iris. Proteomics Clin Appl. 2021. (F=3.494)
10.  
11. 6. Yang Leng, Shiying Dang, Fei Yin, Tianshun Gao, Xing Xiao, Yi Zhang, Lin Chen, Changfei Qin, Nannan Lai, Xiao-Yong Zhan, Ke Huang, Chuanming Luo, Yang Kang, Nan Wang, Yun Li, Yuhong Liang and Bihui Huang. GDPLichi: a DNA Damage Repair-Related Gene Classifier for Predicting Lung Adenocarcinoma Immune Checkpoint Inhibitors Response. Frontiers in Oncology. 2021. (F=6.244).
12.  
13. 7. Malik D, Cao X, Sanchez JC, Gao T, Qian J, Montaner S, Sodhi A. Factors Associated With a Patient's Decision to Select a Cost-effective vs the Most Effective Therapy for Their Own Eye Disease. JAMA Network Open. 2021 Feb 1;4(2):e2037880. (IF=8.483)
14.  
15. 8. Gao T, Qian J. EnhancerAtlas 2.0: an updated resource with typical enhancer annotation in 600 tissue/cell types across nine species. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D58-D64. (IF=16.97)
16.  
17. 9. Gao T, Qian J.EAGLE: an algorithm that utilizes small number of genomic features to predict tissue/cell type specific enhancer-gene interactions. Plos Computational Biology. 2019, 15(10): e1007436. (IF=4.475)
18.  
19. 10. ChenB, Gao T, Huang S, Yuan W, Zhao W, Wang T, Wu J. Prognostic value of survival of miRNAs signatures in non-small cell lung cancer. Journal of Cancer. 2019; 10(23):5793-5804.(IF:4.207)
20.  
21. 11. Gao T, He B, Liu S, Zhu H, Tan K, Qian J. EnhancerAtlas: a resource for enhancer annotation and analysis in 105 human cell/tissue types. Bioinformatics. 2016 Dec 1;32(23):3543-3551.(IF:6.937)
22.  
23. 12. Pan Z, Liu Z, Cheng H, Wang Y, Gao T, Ullah S, Ren J, Xue Y. Systematic analysis of the in situ crosstalk of tyrosine modifications reveals no additional natural selection on multiply modified residues. Sci Rep. 2014 Dec 5;4:7331.(IF=4.379)
24.  
25. 13. Gao T, Liu Z, Wang Y, Cheng H, Yang Q, Guo A, Ren J, Xue Y. UUCD: a family-based database of ubiquitin and ubiquitin-like conjugation. Nucleic Acids Research, 2013 Jan;41:D445-51. (IF=16.97)
26.  
27. 14. Liu Z, Wang Y, Gao T, Pan Z, Cheng H, Yang Q, Cheng Z, Guo A, Ren J, Xue Y. CPLM: a database of protein lysine modifications. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(1):D531-6.(IF=16.97)
     
28. 15. Wang Y, Liu Z, Cheng H, Gao T, Pan Z, Yang Q, Guo A, Xue Y. EKPD: a hierarchical database of eukaryotic protein kinases and protein phosphatases. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D496-502. (IF=16.97)
29.  
30. 16. Cai R, Liu Z, Ren J, Ma C, Gao T, Zhou Y, Yang Q, Xue Y. GPS-MBA: computational analysis of MHC class II epitopes in type 1 diabetes. PLoS One. 2012;7(3):e33884.(IF:2.776)
31.  
32. 17. Wang Y, Dai Z, Cheng H, Liu Z, Pan Z, Deng W, Gao T, Li X, Yao Y, Ren J, Xue Y. Towards a better understanding of the novel avian-origin H7N9 influenza A virus in China. Sci Rep. 2013 Jul 30;3:2318. (IF=4.379)
33.  
34. 18. Gao T, Liu Z,Wang Y and Xue Y. (2013) Ubiquitin and Ubiquitin-Like Conjugations in Complex Diseases: A Computational Perspective. Bioinformatics for Diagnosis, Prognosis and Treatment of Complex Diseases, Springer Netherlands, ISBN: 978-94-007-7974-7 (Print) 978-94-007-7975-4.

国际期刊的审稿经历：

     作为主要审稿人在Briefings in Bioinformatics, Molecular oncology, Bioinformatics, Scientific Reports, Frontiers in Oncolog, Journal of Genetics and Genomics以及Genomics Proteomics and Bioinformatics等国际权威杂志上审稿有21篇。

个人邮箱:

gaotsh3@mail.sysu.edu.cn